Я пытаюсь задокументировать некоторые наборы данных в пакете R, используя roxygen2. Учитывая только один из них:
- у меня
mypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa - который содержит объект с именем
CpG.human.GRCh37 и файл с именем:
mypkg/R/cpg-data.R, который содержит:#' @name CpG.human.GRCh37 #' @title CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19 #' @description This data set list the genomic locations of human CpG islands, #' with coordinates based on the GRCh37 / hg19 genome build. #' @docType data #' @usage CpG.human.GRCh37 #' @format a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island. #' @source UCSC Table Browser #' @author Mark Cowley, 2012-03-05 #' @export NULL
Когда я roxygenize, создается mypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd, содержащий:
\docType{data}
\name{CpG.human.GRCh37}
\alias{CpG.human.GRCh37}
\title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19}
\format{a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.}
\source{
UCSC Table Browser
}
\description{
This data set list the genomic locations of human CpG
islands, with coordinates based on the GRCh37 / hg19
genome build.
}
\author{
Mark Cowley, 2012-03-05
}
\usage{CpG.human.GRCh37}
\keyword{datasets}
и export(CpG.human.GRCh37) добавляется файл NAMESPACE.
но когда я R CMD CHECK получаю:
...
** testing if installed package can be loaded
Error in namespaceExport(ns, exports) :
undefined exports: CpG.human.GRCh37
Error: loading failed
...
Я нигде не говорил R, где найти этот набор данных, хотя я предполагаю, что mypkg/data/<name>.RDa будет хорошим первым предположением. Любые подсказки были бы потрясающими.
Если Хэдли наблюдает, я замечаю, что раздел \usage не создается, а директива @usage игнорируется.
я использую roxygen-2.2.2 на R 2.13.1
@exportиспользуется для наборов данных. Попробуйте удалить это. - person Brandon Bertelsen   schedule 05.03.2012